精工致善丨火山图绘制

什么是火山图？

火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p-value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（代谢物等）。是一种单变量统计分析方法，常应用于研究基因组、转录组、代谢组、蛋白质组等数据分析。

如何绘制火山图？

操作流程

1.进入在线分析软件

2.上传数据

2.1.准备数据文件

1）需要有样本名和样本分组信息，文件格式需为制表符分割的TXT文件或逗号分割的CSV文件。

2）靶标中不能有希腊字母α、β等，用alpha、beta等替换。

示例1：

2.2文件上传

1）数据类型选择浓度；

2）数据格式选择样品在每一列（未配对），可根据实验数据实际情况选择样品在每一行或是每一列、配对或未配对实验；

3）选择整理好的文件上传，提交即可。

2.3检查数据格式

检查数据格式，是否有非数值数据、缺失值或其它特殊字符和标点符号。

注意：软件会默认将缺失值及零值替换为其对应变量的最小正值的1/5。

2.4数据处理

3.数据分析

3.1选择分析项目

3.2参数设置

1）填写FC阈值，一般为2。P-value阈值一般为0.05。也可根据自己实际情况调整。

2）点击提交即可

4.图形解读

4.1火山图

图中每个点代表一个检测到的靶标。横轴是Log2(fold change)，点越偏离中心，表示差异倍数越大。纵轴是-Log 10 ( P-value)，点越靠图的顶部表示差异越显著。点的颜色标记其对应的靶标是上调, 下调还是无差异。P值<0.05且FC>2的表现为红色点，说明该靶标上调，P值< 0.05且FC < 2的表现为蓝色点，说明该靶标下调。

4.2箱形图

点击火山图中的点即可显示原始浓度数据和数据归一化处理后的箱形图，可帮助快速识别异常值。

5.绘图平台

登入链接：https://www.metaboanalyst.ca/

MetaboAnalyst是一个代谢组学数据分析的综合平台。当前的MetaboAnalyst (V5.0)支持原始MS光谱处理、综合数据归一化、统计分析、功能分析、荟萃分析以及与其他组学数据的综合分析。